Epistemologi, ontologi och etik – delar av filosofin
Den teoretiska nivå som ligger strax ovan metodbegreppen i vetenskapens hierarki är epistemologi, en central del av filosofin som härstammar från grekiskans episteme (kunskap) och logos(förnuft). 
“Epistemology is defined by the systems philosopher Bunge (1980) as ‘the branch of philosophy concerned with the nature, sources, and reach of human knowledge.’ Thus epistemology asks questions on whatknowledge is (nature) as well as where knowledge starts (sources) and ends (reach). I would also complement the definition with the dimension on how to generate, verify and validate knowledge, i.e. the question of method.”
(Le Duc, 1996, sid. 9)
Notera att jag lagt till ”hur”dimensionen till Bunges definition med hans tre underdimensioner, nämligen  hur skapa kunskap (generate), hur testa kunskapens reliabilitet (verify) och hur vederlägga kunskapens överensstämmelse med verkligheten (validate). Epistemologi handlar vidare om vad kunskap är samt kunskapens definition, d v s vad som ingår och vad som inte ingår i kunskap.
Bland de begrepp som inte finns i epistemologi har vi ontologi. Ontologi är skilt från epistemologi men är en nödvändig förutsättning.
“Ontology, according to Bunge, stands for ‘the branch of philosophy concerned with the nature of reality. It studies, in particular, the general concepts of thing, space, law, causation, life, mind and society’ (Bunge, 1980). Ontology is also defined as the nature of being.”
(Le Duc, 1996, sid. 15)
Den intellektuella diskussionen om varats natur är ett av de svåraste områdena inom filosofin. Att skilja vetenskap från tro är dock inte självklart. Vi måste anta en hel del som inte kan bevisas vetenskapligt på ett fullständigt sätt. Vetenskapen kan indikera att vår tro är riktig men sällan erhålls bevis giltiga för evigt. Det finns således ett ömsesidigt beroendeförhållande mellan tro och vetande som inte kan undvikas. Exempelvis antar de flesta, men inte alla, att den säkraste kunskapen erhålls genom vetenskapliga metoder.
Man ska skilja på filosofi som alla omfattar på ett mer eller mindre medvetet plan och den professionelle filosofen. Systemvetare, som de flesta andra akademiker, är sällan professionella filosofer, speciellt på området ontologi. Bunge formulerar det tydligt i en jämförelse mellan systemteori och ontologi: ”while systems theorists take certain concepts for granted - e.g. those of property, possibility, change, and time - ontologists take nothing for granted except logic and mathematics” (Bunge, 1979, Sid. 3).